L’arcipelago è formato da tre isole: Favignana, Marettimo e Levanzo, più alcuni isolotti e scogli. Favignana, la più grande, ha una forma a farfalla ed è identificata con la mitica Aegusa, l’Isola delle Capre dove Omero fa approdare Ulisse descrivendone i caratteri naturali con tale chiarezza che la somiglianza con l’attuale è perfetta. Vi si svolge, a maggio, la mattanza del tonno. A Cala Rossa le cave di tufo a cielo aperto formano incredibili architetture e un paesaggio innaturale straordinariamente suggestivo, mentre a circa 2 miglia ad ovest di Cala Sicchitella è possibile trovare banchi di Corallo rosso. Marettimo, la Hiera dei greci, dalla forma quadrilatera, è la più lontana ed è un paradiso di fitta vegetazione mediterranea con numerosi paleoendemismi, un susseguirsi di cime e strapiombi che calano a picco sull’acqua e grotte marine (del Cammello, Tuono, Pipa, Bombarda e Bombardella, per i boati prodotti dal moto ondoso, Grotta Perciata e del Presepe), alcune rifugio della rarissima Foca monaca, qui miracolosamente ricomparsa dopo avere abbandonato le coste italiane negli anni ’70. Levanzo è isola di silenzio e solitudine e vi si alternano circa quattrocento specie di flora rupestre. Deve la sua notorietà alla scoperta della Grotta del Genovese che con i suoi graffiti preistorici (raffigurazioni di caccia e pesca del tonno, danze tribali e simboli rituali magici) offre un’importante chiave di lettura della nostra civiltà.
L’arcipelago, che nella preistoria era un tutt’uno con la costa sicula, fu teatro nella prima guerra punica di una celebre battaglia navale tra Cartaginesi e Romani (la leggenda vuole che Cala Rossa prese il nome dal sangue versato nell’occasione dai Cartaginesi) e nei fondali tra Favignana e Marettimo è stata individuata da un pescatore locale un’intera imbarcazione di 25 metri del X secolo, primo relitto di nave araba mai scoperto nelle acque di Sicilia.
La riserva naturale marina, dal 2001 affidata in gestione al Comune di Favignana (TP), è stata istituita con Decreto Interministeriale del 27.12.1991 e copre una superficie di 54 mila ettari. La frangia dell’infralitorale é caratterizzata ovunque da Cystoseira stricta ad eccezione di alcuni biotopi a Marettimo dove é sostituita da Cystoseira mediterranea e da Cystoseira elegans. Estese praterie di Posidonia oceanica coprono la maggior parte dell’area sommersa. Notevole la varietà di popolamenti animali dovuta al dinamismo delle acque. Tra le specie faunistiche: la Berta Maggiore, la Berta Minore, l’Uccello delle Tempeste, l’Aquila del Bonelli, il Falco Pellegrino, il Falco della regina e la Monachella nera. A Favignana, sul monte Santa Caterina (m. 314), una singolare vegetazione: Crucifera Brassica Macroarpa, Calendula Marittima, Anthemis Sicula. Marettimo ha un patrimonio di molte varietà botaniche. Lo splendido mare incontaminato dell’arcipelago offre Aragoste, Polpi, molte varietà di pesce bianco come Ricciola, Salpa, Sarago, Scorfano. Tra le distese di Posidonia si trovano Murene, Gronchi, Cernie, Dentici, Palamite.
